Ce sont les travailleurs eux-mêmes qui doivent en faire la déclaration à la Caisse primaire d'assurance maladie (article L. 461-5 du code de la sécurité sociale) en y joignant un exemplaire du certificat médical établi par le médecin praticien. Contrairement à ce qui est prévu pour les accidents du travail, l'employeur n'a pas à faire cette déclaration lui-même. En effet, il n'est généralement pas au courant de la nature de la maladie qui a pu motiver un arrêt de travail chez un de ses salariés.

Si l'employeur est responsable de l'application des mesures réglementaires de prévention, les travailleurs sont tenus de se soumettre aux visites médicales, complétées ou non d'examens complémentaires, prescrits par le médecin du travail.