Le Service Interentreprise est organisé en secteurs médicaux, soit géographiques et professionnels, soit géographiques et interprofessionnels.

Chaque secteur médical doit comporter au moins un centre médical fixe.

Le nombre de médecins du travail affectés à un secteur médical ne peut être supérieur à celui correspondant à l'emploi de 6 médecins du travail à temps complet, sans que leur nombre puisse excéder 8, sauf dérogation exceptionnelle accordée par le directeur régional du travail après avis du médecin-inspecteur régional du travail.

Chaque médecin doit en outre être affecté à un groupe d'entreprises déterminées .

Chaque secteur médical est sous le contrôle d'une commission consultative paritaire de secteur, comprenant 10 membres au moins et 20 au plus, composée en nombre égal de représentants des employeurs et des salariés des entreprises relevant de ce secteur.

Elle est consultée sur l'organisation du service médical. Elle se prononce sur le rapport annuel relatif au fonctionnement du secteur et sur le rapport annuel d'activité du ou des médecins du travail. Elle est informée des observations formulées et des mises en demeure notifiées par l'inspection du travail relatives à la médecine du travail, des observations d'ordre technique faites par l'inspection médicale du travail (article D 4622-9 du code du travail).

Elle est présidée par le président du service interentreprises ou son représentant. Elle se réunit au moins une fois par an. Le procès-verbal de chaque réunion est transmis au directeur régional du travail dans le délai d'un mois à compter de la date de la réunion (article R 4622-62 du code du travail).

La durée du mandat des membres est de 3 ans. Il peut être renouvelé.